PACBIO JAPAN
バーチャルワークショップ

かずさDNA研究所（KDRI）様と共同で、Iso-Seqに関する情報解析とそのハンズオンを中心とした3日間のワークショップを開催いたします。本ワークショップでは、Iso-Seq解析のエキスパートであるPacBio主席研究員のElizabeth Tseng博士、かずさDNA研究所の白澤健太ゲノムユニット長、モントレーベイ水族館研究所（MBARI）研究員のDarrin Schultz博士、PacBioバイオインフォマティシャンのKhi Pin Chua博士を講師に迎え、講義と実習を交えながら、Iso-Seqによる完全長転写産物のアイソフォームシーケンスの可能性について解説します。

参加者は、Iso-Seq実験の全体像を把握するとともに、この高品質な完全長RNAシーケンスデータのいくつかのアプリケーションについて学習したのち、実験デザイン、コスト感、データ生成、解析についても触れることが可能です。演習では、提供されたデータセットを用いて、コンピュートクラスター上でコマンドラインを使用して行います。

ワークショップの前提条件は、トランスクリプトームシーケンス解析（RNA-SeqまたはIso-Seq）の概念を理解していることと、基本的なUNIXコマンドラインスキル（ssh、bash）です。PythonスクリプトやRの実行経験があれば尚可。プログラミングのスキルは必要ありません。

このワークショップに参加するための事前準備と対象となる方々は以下の通りです。:

1. ゲノム研究の初心者または中級者であること。このチュートリアルは、PacBioのSMRTテクノロジーを用いたロングリードRNAシーケンス（Iso-Seq）データの特徴やツールセットの理解を深めたいと考えている大学や企業の研究者の方々に広くご活用いただけます。
2. 参加者は基本的なUnixコマンドラインのスキルとR/Rstudioについてある程度の理解があることが期待されます。ほとんどのツールはPythonで書かれていますが、プログラミングの知識は必要ありません。
3. ワークショップに参加する前に、参加者は送付されたガイダンスに従ってソフトウェアパッケージを事前にインストールする必要があります。参加者は、ローカル（学校や機関）のHPC環境を利用するか、AWSでアカウントを作成することができます。

アジア地域で初のIso-Seqバーチャルワークショップに参加して、完全長トランスクリプトームシーケンシングデータを、ゲノムアノテーション、アイソフォームレベルの比較発現解析、シングルセル解析へ応用する方法を学んでください。